很早以前读葛先生的《中国思想史》时就了解到了余英时的“内在理路”（inner logic）说，今时读这本书，从所选的几篇文章中才予以了具体的了解。
《近代红学的发展与红学革命——一个学术史的分析》和《《红楼梦》的两个世界——香港中文大学十周年校庆讲座》是应用这种思路研究文学的重要成果。前一篇提出了与红学研究的其他两个流派不同的研究思路：自传派将红学变为了曹学，所以重视考据《红楼梦》书中人事的现实所在，终不免流于琐屑，见微而不知大；而社会派认为《红》折射了社会
生活，特别是马克思主义者的阶级观点。余认为这两个都有其好的一面，但最重要的是应从《红》本身入手，把其首先当作一部文学作品，承认其虚构的成分，用《红》本身来注解、阐释《红》。后一篇文章就是其具体的一次尝试分析。
沿着“内在理路”来研究宋明理学至清代思想时，也就能理解这种思想风气变化的逻辑。清代思想转向训诂考据之类的小学时，以梁任公为代表的学者大都从满清思想压制，文字狱等外在压力来解释这种变化。但余英时提出，这是宋明理学内部“尊德性”和“重学问”的两大理学流派汇合的结果，陆王反对程朱因格物而失性，因此倡导个人德性为根本，“满街都是圣人”，这种极端不免就流于“禅”。由此，在明末时已经出现了对陆王的反拨，佛学也出现了重新注重文献的趋势。清代之小学也并非置“大学”不顾，各个不同的思想家从各自立场出发来考据辨伪，至后来才渐行渐远。这在从《宋明儒学的发展论清代思想史——宋明儒学中智识主义的传统》、《清代思想史的一个新解释》和《清代学术思想史重要观念通释》几篇文章里有详细论述。
这本书除了“内在理路”说外，还有一条重要线索即：反智论和智识主义的对立。黄老思想和法家思想都倾向于反智，因此倾向于“愚民”，而注重学问的儒家是智识主义的积极拥护者，余通过《反智论与中国政治传统
——论儒、道、法三家政治思想的分野与汇流》、《“君尊臣卑”下的君权与相权——“反智论与中国政治传统”余论》、《从中国传统看学术自由的问题——香港《明报》月刊百期纪念答记者问》几篇文章从不同角度论述了两种学派的重要影响。余认为儒家倡导“道统”高于“政统”从而确保知识分子在社会中发挥影响，这是确保政治民主以及言论自由的重要砝码，春秋战国时代的知识分子阶层有着重要的影响力就是明显的例证。但这种“道统”却在秦以后丧尽，秦以法家思想为本，汉则貌似尊儒，实则却为法家化。如果说，知识分子掌握的官僚体制有助于遏制皇权，但明清以来皇权用“吏”来干涉官，器重宦官而废除宰相，从而使得儒家的宏大抱负蜷缩在八股文的格式下。
其总的观点是，儒家的很多方面是与现代性是并行不悖的，且不论余英时对儒家的重新阐释是否恰当，也且不论那种理想能否在当下中国实现，但就其假借儒家来宣扬一种自由、民主的社会理想而言，就是十分值得肯定的。